Dès 1979, le Dr Weiglein a été adopté par Egidius Soter, chef du clan Beriten Asmat, au cours d’une cérémonie religieuse. Depuis lors, il est également appelé « Emenji », ce qui se traduit par « celui qui vient avec plusieurs têtes ».

Sa grande passion est de voyager. À 16 ans, il a déjà visité l’Afghanistan et l’Inde. En 1982, il participe au Camel Trophy qui a lieu en Papouasie-Nouvelle-Guinée et par la suite, il devient un membre actif de l’association qui l’organise. Il continue également à participer à cette aventure automobile aux côtés de l’équipe allemande.

Depuis 1979, Dr Weiglein s’intéresse principalement aux cultures d’Océanie, en particulier à celles de la Papouasie, la moitié indonésienne de l’île de Nouvelle-Guinée. Jusqu’à aujourd’hui, il a organisé et guidé avec succès plus de 250 expéditions en Nouvelle-Guinée et dans les îles Salomon. De nombreuses publications dans la presse spécialisée et des livres témoignent de son expérience et de sa réputation. Par ailleurs, le Dr Weiglein est co-auteur de publications des explorateurs de renommée mondiale que sont Heinrich Harrer et Dieter Kronzucker. Il a également organisé et guidé plus de 20 productions télévisées en Chine, en Mongolie, en Namibie et surtout en Papouasie/Indonésie. Enfin, avec plus de 30 expéditions à la pyramide de Carstensz, on peut supposer qu’il est l’actuel détenteur du record du monde.

En 1997, il a commencé à construire The Baliem Valley Resort, un projet précurseur dans le tourisme en Papouasie qui était et reste toujours la province la plus reculée d’Indonésie. L’approbation finale du projet a été donnée par le président de l’Indonésie de l’époque, Suharto lui-même. Après près de 3 ans de travail, le Resort a finalement ouvert ses portes en 1999 et est devenu depuis une base pour les voyageurs du monde entier avides d’aventure en Papouasie.

Aujourd’hui, Werner s’intéresse principalement au développement de projets d’écotourisme en Papouasie et à la poursuite du développement de ses projets culturels et éducatifs, tels que la Maison des étudiants de Papouasie, le Musée de la Papouasie et le Centre de la culture indonésienne.

Son musée de la Papouasie à Gelnhausen, en Allemagne, a été inauguré en 2015 et peut être visité sur demande.